Но воздух откуда-то попадал в систему.
Аналогичная проблема.Думаю происходит это из-за атмосферного клапана крышки расширительного бачка, того, который выравнивает давление в СО при остывании ОЖ и, соответственно, ее сжатии. Он слишком тугой и после остывания двигателя в СО остается слишком большое разрежение, которое приводит к подсосу воздуха, например через сальник помпы или через фланцы(уголки) радиатора отопителя (общеизвестное слабое место СО) или иные неплотности. Поездил с приоткрытой крышкой бачка. Глюки СО прекратились. Искал в продаже крышку с более слабым клапаном. Не нашел. Вообще этот клапан (такой тугой) губителен для СО поскольку подсасывается пыль и прокладки работают туда-сюда. Думаю большинство проблем СО, по крайней мере на 06, из-за этого клапана.