тем самым амортизатор будет уходить из своего нормального рабочего состояния
У амортизатора нет "рабочего состояния". Он во всем диапазоне хода штока работает.
Штоки укорачивают чтобы пружины не вываливались,
uncle sergio правильно говорит.
а как длину штока убрать?
На примере передних стоек: одеваешь пружину, опорник, смотришь сколько расстояние от пружины до опорника. Допустим, 3см. Прибавляешь к этому +1,5-2см для создания преднатяга - получается 5см. Вот теперь обтачиваешь шток, чтобы донарезать 5см резьбы к уже имеющейся. Ну и саму форму штока надо постараться повторить (втулка под подшипник, лыски под ключик "на 7"). Делов не много на самом деле. Из инструмента: болгарка с шлифовальным кругом, плашка под нужную резьбу, ровные руки. На пару стоек уходит примерно час-полтора.