На днях начал проводить плановый осмотр трансмиссии, обнаружил, что на зеркале маховика и корзины имеются глубокие дорожки.
Ого! Вот бы мне кто также "планово" осматривал трансмиссию

Можно ли с помощью расточки или какими либо другими методами выровнить поверхность данных деталей (маховик, корзина)?
Маховик можно отдать токарю, рублей за 200 проточит. Если есть кто тормозные диски или барабаны протачивает - можно им отдать.
Корзину протачивать - а надо ли?
А вообще были пролемы со сцеплением? Я думаю, что при таких "повреждениях" - проблем не было. У меня на легком маховике было 6 глубоких проточек-канавок - а это спорт, и ничего.
Вопрос №2: Имеются какие либо правила по установке маховика (момент затяжки, положение относительно двигателя)?
Ставится в любом положении, в каком встанет. Маховик отбалансирован отдельно от коленвала, друг на друга они не влияют. Момент затяжки в камасутре расписан.
Вопрос №3: Необходимо ли сливать масло из двигателя для замены коренного сальника?
Заднего сальника коленвала в смысле? Масло сливать не нужно.
Вопрос №4: Что делать если "съедены" зубья венца маховика? Можно ли перевернуть венец относительно маховика?
Можно.