Вот ещё на эту тему.
Ранее для защиты USB-флешки от вирусов считалось достаточным создать на ней пустой файл autorun.inf и назначить ему права «только для чтения». В этом случае вирус не мог создать там собственный файл автозагрузки, поскольку такой файл уже существовал и имел соответствующие атрибуты.
Современные вирусы научились обходить эту «уловку» — автор лично столкнулся с этим, обнаружив вирус на флешке, «защищенной» таким образом после посещения одной полиграфической фирмы.
На данный момент весьма действенным представляется следующий способ (актуально для флешек с FAT-32). Создается bat-файл (например, с именем flashprotect.bat) и следующим содержимым:
attrib -s -h -r autorun.*
del autorun.*
mkdir %~d0\AUTORUN.INF
mkdir "\\?\%~d0\AUTORUN.INF\.."
attrib +s +h %~d0\AUTORUN.INF
После этого данный файл копируется на флешку (обязательно!) и запускается с флешки. При этом создается папка с именем Autorun.inf, которую невозможно удалить средствами системы (используется известная ошибка Windows). Вследствие наличия папки с таким именем вирус не может создать аналогичный файл, и удалить такую папку тоже не может (по крайней мере, современные вирусы этому еще не научились).
http://www.siteguard.ru/p26.html