У меня что-то такое было, когда бендтикс на стартёре стесался.
Было похожее, стук возникал не каждый раз. Судя по всему, где-то у зубьев был какой-то дефект и когда движок останавливался напротив этого дефекта, то при включении стартера стукало. Иногда даже стартер не входил в зацепление с маховиком и крутился вхолостую. Замена бендикса решила проблему, хотя на снятом каких-то видимых дефектов не нашёл и при испытании его с помощью монтировки не пробуксовывал.